As diversas aplicações eletrônicas de saúde da instituição estão interligadas por meio de mecanismos padronizados de interoperabilidade com fluxo de informações consistente para garantir a complementaridade dos serviços e sem contradição ou duplicação de dados. Todos os aplicativos operam em harmonia com o sistema de informação de previdência social, incluindo benefícios de invalidez quando relevante, e com os serviços nacionais de saúde e/ou a arquitetura nacional de seguro de saúde.

A interoperabilidade da eSaúde abrange a interação do sistema institucional, nacional e internacional.

Padrões internacionais estabelecidos e sistemas de codificação são implementados desde o início de qualquer desenvolvimento e implantação. Os padrões internacionais HL7 orientam o pacote de informações, a comunicação de uma parte para outra, definindo o idioma, a estrutura e os tipos de dados para uma integração perfeita entre os sistemas. DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) é o padrão internacional para transmitir, armazenar, recuperar, imprimir, processar e exibir informações de imagens médicas. LOINC é o padrão universal para identificar medições, observações e documentos de saúde. SNOMED CT é uma nomenclatura sistematizada de termos clínicos. Essas capacidades permitem que a instituição seja integrada aos serviços nacionais de saúde e/ou sistemas nacionais de seguro de saúde.